C'est en 1997 avec la conduite d'un diagnostic dans chaque église en partenariat avec la DRAC et la conservation départementale des antiquités et des objets d’art que la protection et la restauration du patrimoine ont débuté. Elles concernaient à la fois les édifices et les peintures murales (protection, état des œuvres, travaux à engager) mais également le patrimoine architectural et mobilier (inventaire et protection des objets, évaluation des travaux à engager).

Suite à ce travail, de nombreuses communes ont engagé des travaux de sauvegarde de leur patrimoine dans le but de le rendre accessible à la fois à la population locale et aux visiteurs.

Parallèlement à ce vaste programme de sauvegarde, une réflexion a été menée par quelques communes quant à l’ouverture des édifices au public. En 2001, 14 églises étaient ouvertes à la visite et des documents d’interprétation des peintures avaient été réalisés et mis à disposition dans les édifices. Certaines communes se sont aussi rassemblées dans le cadre du programme européen Leader II pour mener une réflexion pour la promotion et l’animation de l’ensemble des églises ouvertes au grand public. Des visites guidées ainsi que des expositions temporaires ont ainsi été organisées au sein des édifices entre 1998 et 2001.

Enfin, afin de coordonnées ces actions, le Réseau des Peintures Murales de Puisaye-Forterre voyait le jour le 18 novembre 2004. Depuis, de nombreuses actions ont été menées : animations, expositions, éditions de brochures, création de cartes postales et d'enveloppes, d'un DVD ...